A hódoltság korában ( 1543-1687)

            1543-ban Fehérvár elfoglalásakor a törökök behódoltatták a sokoróalji járást és a fehérvári szandzsákhoz csatolták. A falvakat szpáhibirtokként osztották ki török hivatalnokoknak, katonáknak, akiknek a fejadón kívül csak katonákat kellett kiállítani a szultán számára, a többi adó mind őket illette. Amikor 1549-ben a fehérvári bég 4 ezer martalóca dúlta a vidéket, a falu lakói elmenekültek. Az 1566-os hadjárat szintén elpusztította Kajárt, de már két év múlva újratelepült.

A falunak kétfelé kellett adóznia: a bakonybéli apátnak és török urának is. 1594-ben Győr török kézre kerülésével a falu újra üresen maradt négy-öt évre. ”Én is - írta a kajári Kántor Bálint - soha nem reménylettem visszavaló menetelemet, minthogy Győrött török lakott, Pápán török lakott és mi tőlünk lakott falunkat is csak vadak és törökök lakozták”. 1605-ben 6 évi adómentességet biztosítottak a betelepülőknek.

A sok szenvedés ellenére Kajár az apátság legfontosabb birtoka maradt, amelyet külön kezeltek, az apát állandó lakást tartott fenn a faluban, az úriszékének rendes helye is a település volt.

1621-ben Halil agát említik a falu török uraként, aki elviselhetően bánt a jobbágyokkal. Egy év múlva azonban fia: Izmail aga került a helyére.

De veszélyt jelentettek a magyar hatalmaskodók is. Pázmány István pannonhalmi jószágkormányzó például az apát 1000 forint értékű borát rabolta el Kajáron.

Buda visszafoglalása után 1687-ben szabadult fel teljesen a török ura­lom alól Kajár.